Výstupné súbory Sekundárna analýza DRAGEN

V tejto časti sú uvedené informácie o jednotlivých aplikáciách DRAGEN vrátane informácií o výstupnom súbore. Okrem generovania súborov špecifických pre každú aplikáciu poskytuje softvér DRAGEN metriky z analýzy v súbore <sample_name>.metrics.json a správy opísané v  Správy o sekundárnej analýze MiSeq i100. Ďalšie informácie o softvéri DRAGEN nájdete na stránke podpory pre Sekundárna analýza DRAGEN.

Všetky vedenia DRAGEN podporujú dekompresiu vstupných súborov BCL a kompresiu výstupných súborov BAM/CRAM. Súbory BAM sa nenačítajú do softvéru Sekundárna analýza DRAGEN, ak je zvolená možnosť Proactive (Proaktívne), Run Monitoring (Monitorovanie chodu) a Storage (Úložný priestor).

Aplikácia DRAGEN BCL Convert podporuje nasledujúce funkcie:

• Dekompresia vstupných údajov BCL
• Demultiplexovanie vzoriek
• UMI a manipulácia s adaptérom
• Nastavenia pre jednotlivé vzorky
• Generovanie súborov FASTQ
• Kompresia súborov FASTQ do formátov ORA alebo Gzip
• Vytvorenie metrík kontroly kvality FASTQ (iba pre prvých 1 024 vzoriek)

Aplikácia DRAGEN Library QC podporuje nasledujúce funkcie:

• Výpočty vyváženia knižnice
• Metriky kontroly kvality
– Metrika knižnice
– Metriky mapovania
– Metriky krytia
• Vytvorenie metrík kontroly kvality FASTQ (iba pre prvých 1 024 vzoriek)

Aplikácia DRAGEN Small Whole Genome podporuje nasledujúce funkcie:

• Mapovanie/zarovnanie
• Stanovenie malých variantov
• Vytvorenie metrík kontroly kvality FASTQ (iba pre prvých 1 024 vzoriek)

Aplikácia DRAGEN Microbial Enrichment Plus podporuje nasledujúce funkcie:

• Kontrola kvality/dehosting vzorky
• Detekcia a kvantifikácia patogénov
• Vírusové WGS
• Analýza markerov antimikrobiálnej rezistencie (AMR)
• Analýza vírusového obkladu/línie (Nextclade)