Prehľad sekvenovania

Nasledujúce časti obsahujú ďalšie podrobnosti o pracovnom postupe sekvenovania.

Tvorba klastrov

Knižnica sa automaticky denaturuje na jednotlivé vlákna v prístroji. Počas tvorby klastrov sa jednotlivé molekuly DNA viažu na povrch prietokového článku a amplifikujú sa na klastre. Tvorba klastra trvá ~2 hodiny.

Sekvenovanie

Klastre sa zobrazujú pomocou dvojkanálového chemického zloženia, jedného zeleného kanála a jedného modrého kanála, na zakódovanie údajov pre štyri nukleotidy. Senzory prietokového článku, ktoré pozostávajú z dlaždíc, sú snímané naraz. Proces sa opakuje v každom cykle sekvenovania.

Primárna analýza

Po analýze snímok softvér Real-Time Analysis (RTA) vykoná primárnu analýzu báz Určuje bázu (A, C, G alebo T) pre každý klaster dlaždice v konkrétnom cykle., filtrovanie a vyhodnocovanie kvality Vypočíta sa súbor prediktorov pre každú primárnu analýzu báz a potom sa pomocou hodnôt prediktorov vyhľadá Q-skóre.. Počas chodu softvér Ovládací softvér MiSeq i100 Series automaticky prenesie súbory zreťazenej primárnej analýzy báz Obsahuje primárnu analýzu báz a súvisiace kvalitatívne skóre pre každý klaster každého cyklu sekvenovania. (CBCL) do určeného miesta výstupu na analýzu údajov. Ak chcete zobraziť metriku kvality vytvorenú softvérom RTA v reálnom čase, použite softvér riadiaci softvér, Sequencing Analysis Viewer (SAV) alebo BaseSpace Sequence Hub v prístroji.

Sekundárna analýza sa spustí po dokončení sekvenovania. Metóda sekundárnej analýzy údajov závisí od konfigurácie vašej aplikácie a systému.

Sekundárna analýza

BaseSpace Sequence Hub a Illumina Connected Analytics (ICA) sú cloudové výpočtové prostredia od spoločnosti Illumina na analýzu údajov, uchovávanie a monitorovanie chodov. Monitorovanie chodov je viditeľné iba v softvéri BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub je hostiteľom aplikácií DRAGEN a BaseSpace Sequence Hub, ktoré podporujú bežné metódy analýzy na sekvenovanie. ICA je hostiteľom softvéru DRAGEN pre pracovné postupy ICA. Môžete použiť vopred vytvorené pracovné postupy ICA alebo vytvoriť vlastné postupy pomocou údajov sekvenovania a analýzy.

Ak analyzujete údaje sekvenovania v cloude, údaje CBCL sa nahrávajú automaticky do cloudu a sú k dispozícii v softvéri BaseSpace Sequence Hub a ICA. Analýza sa automaticky začne po dokončení nahrávania údajov.

Ak analyzujete údaje sekvenovania lokálne, sekundárna analýza DRAGEN sa vykoná na prístroji a výstupné súbory sa uložia do vybraného výstupného priečinka.

•

Ďalšie informácie o softvéri BaseSpace Sequence Hub nájdete na stránke podpory pre BaseSpace Sequence Hub.

•

Ďalšie informácie o softvéri Sekundárna analýza DRAGEN nájdete na stránke podpory platformy DRAGEN Bio-IT Platform.

•

Ďalšie informácie o softvéri Illumina Connected Analytics nájdete na stránke podpory pre Illumina Connected Analytics.

•

Prehľad všetkých aplikácií nájdete na stránke podpory pre BaseSpace Sequence Hub.