Standart SBS Sekanslama Hususları

Protokole başlamadan önce kütüphaneleri seyreltmek ve çalıştırmayı ayarlamak için hazırlanmak üzere aşağıdaki bilgileri inceleyin. Sekanslama ve analiz işlemlerinin başarılı bir şekilde gerçekleştirilmesi için optimum yükleme konsantrasyonunun elde edilmesi kritik önem taşır. Bir okumada doğru döngü sayısının girilmesi optimum veri çıktısı elde edilmesine yardımcı olur.

BaseSpace Sequence Hub’da bir çalıştırma planlama hakkında daha fazla bilgi için bkz. BaseSpace Sequence Hub.

Yükleme hacmi ve konsantrasyonu hakkında bilgi için bkz. Denşirme ve Seyreltme Protokolü Jeneratörü.

Okumadaki Döngü Sayısı

Her bir okuma için minimum 26 döngü ve maksimum 301 döngü girilmesi veri kalitesinin garanti altına alınmasını sağlar. Gerçek döngü sayısı deneyinize bağlı olarak değişiklik gösterir. NextSeq 1000/2000 Control Software, Read 1 (Okuma 1) için en az 1 döngü olmasını gerektirir ancak Read 1’deki (Okuma 1) döngü sayısı 26’dan az olduğunda bir uyarı görüntüler.

Read 1 (Okuma 1), Index 1 (Dizin 1), Index 2 (Dizin 2) ve Read 2 (Okuma 2) için toplam döngü sayısı 100 döngülük, 200 döngülük ve 600 döngülük kitler için artı 38 döngü ve P3 300 döngülük kitler için artı 27 döngü ile kitin desteklediği döngü sayısından fazla olamaz. NextSeq 1000/2000 Control Software, Index 1 (Dizin 1) ve Index 2 (Dizin 2) 6 döngüden az olduğunda bir uyarı görüntüler. Index 1 (Dizin 1) veya Index 2 (Dizin 2) için döngü değeri 0 olduğunda uyarı gösterilmez.

Minimum ve maksimum döngü sayılarına ekstra bir döngü dahildir. Fazlama ve prefaz etkilerini düzeltmek için istenen okuma uzunluğuna daima bir döngü ekleyin. Okuma uzunluğu, Okuma 1 (Read 1) ve Okuma 2 (Read 2)’deki sekanslama döngülerinin sayısıdır ve ekstra döngüleri ve dizin döngülerini içermez. Daha fazla bilgi için Real-Time Analysis İş Akışı bölümündeki Fazlama Düzeltme kısmına bakın.

Örnek çalıştırma kurulumu:

• 35 (tekli okuma) okuma uzunluğu için, Read 1 (Okuma 1) alanına 36 girin.
• Okuma başına 150 (çift sonlu) okuma uzunluğu için, Read 1 (Okuma 1) alanına 151 ve Okuma 2 alanına 151 girin.
• Okuma başına 300 (çift sonlu) okuma uzunluğu için, Read 1 (Okuma 1) alanına 301 ve Okuma 2 alanına 301 girin.