Tổng quan về Giải trình tự

Trong quá trình tạo cụm, các phân tử DNA đơn lẻ được liên kết với bề mặt của tế bào dòng chảy Một tiêu bản thủy tinh với các làn tách biệt vật lý. Các làn được phủ oligo bổ sung cho các giải trình tự adapter thư viện, cho phép thư viện tuân thủ để phục vụ cho lần chạy giải trình tự và đồng thời được tăng cường để tạo cụm.

Các cụm được tạo ảnh bằng phương pháp hóa học hai kênh, một kênh xanh lục và một kênh xanh lam, để mã hóa dữ liệu cho bốn nucleotide. Sau khi một ô trên tế bào dòng chảy được tạo ảnh, ô tiếp theo sẽ được tạo ảnh. Quá trình này được lặp lại cho mỗi chu kỳ giải trình tự (khoảng 5 phút mỗi chu kỳ).

Sau khi phân tích hình ảnh, phần mềm Real-Time Analysis (RTA4) thực hiện phát hiện base Xác định base (A, C, G hoặc T) cho mọi cụm trong một ô ở một chu kỳ cụ thể., lọc và tính điểm chất lượng Tính toán một bộ dự báo chất lượng cho mỗi phát hiện base và sau đó sử dụng giá trị dự báo để tra cứu điểm Q.. Khi quá trình chạy diễn ra, Phần mềm điều khiển NovaSeq X Series sẽ tự động chuyển tập tin phát hiện base Có chứa phát hiện base và điểm chất lượng liên quan cho mỗi cụm của mỗi chu kỳ giải trình tự. (*.CBCL) đến vị trí đầu ra được chỉ định để phân tích dữ liệu. Để xem các số liệu chất lượng do RTA4 tạo ra theo thời gian thực, hãy sử dụng Phần mềm điều khiển NovaSeq X Series, Sequencing Analysis Viewer (SAV) hoặc BaseSpace Sequence Hub.

Khi quá trình giải trình tự hoàn tất, quá trình phân tích phụ bắt đầu. Phương pháp phân tích dữ liệu phụ tùy thuộc vào ứng dụng và cấu hình hệ thống.

BaseSpace Sequence Hub và Illumina Connected Analytics (ICA) là các môi trường điện toán đám mây Illumina để phân tích dữ liệu, lưu trữ và giám sát lần chạy. Giám sát chạy chỉ hiển thị trong BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub lưu trữ các ứng dụng DRAGEN và BaseSpace Sequence Hub chuyên hỗ trợ các phương pháp phân tích phổ biến để giải trình tự. Illumina Connected Analytics lưu trữ DRAGEN cho các luồng ICA. Bạn có thể sử dụng các luồng ICA được xây dựng sẵn hoặc tạo các luồng tùy chỉnh bằng cách sử dụng dữ liệu giải trình tự và phân tích của mình.

Nếu phân tích dữ liệu giải trình tự trên đám mây, dữ liệu CBCL sẽ được tải lên đám mây tự động và có sẵn trong BaseSpace Sequence Hub và ICA. Phân tích tự động bắt đầu sau khi quá trình tải lên dữ liệu hoàn tất.

Nếu phân tích dữ liệu giải trình tự cục bộ, phân tích phụ DRAGEN được thực hiện trên thiết bị và các tệp đầu ra được lưu trữ trong thư mục đầu ra đã chọn.

•

Để biết thêm thông tin về BaseSpace Sequence Hub, tham khảo trang hỗ trợ BaseSpace Sequence Hub.

•

Để biết thêm thông tin về Illumina DRAGEN Bio-IT Platform, xem trang hỗ trợ Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.

•

Để biết thêm thông tin về Illumina Connected Analytics, tham khảo trang hỗ trợ Illumina Connected Analytics.

•

Để biết tổng quan về tất cả các ứng dụng, tham khảo Ứng dụng BaseSpace Sequence Hub.