暗循环测序

此部分介绍如何在配方中使用暗循环测序。

查看 Illumina 支持网站上的 NextSeq 1000/2000 测序系统页面，查看是否有适用于您试剂盒的自定义配方。是 XLEAP-SBS 和标准 SBS 之间的不同自定义配方。如果配方不可用，请联系 Illumina 技术支持。

暗循环测序仅用于完成测序循环的化学反应步骤。请查看 Illumina 支持网站上针对您所用的文库制备试剂盒的兼容产品页面，以确定是否需要暗循环测序。

对于 NextSeq 1000/2000 Control Software v1.3 及更高版本，如果在样本表中指定了文库制备，则使用带有 Ribo-Zero Plus 的 Illumina Stranded Total RNA Prep 和 Illumina Stranded mRNA Prep，软件会选择适当的暗循环配方。

按照下面的步骤执行暗循环测序。

1. 从 Illumina 支持网站 的 NextSeq 1000/2000 测序系统页面下载配方 XML 文件。
2. 编辑配方 XML 文件。
a. 根据您的片段和标签测序配置确定相应的操作流程部分。每个自定义配方可能有六个不同的可编辑操作流程。

例如，对于未配置标签测序的单个片段 1，操作流程将会是 <Protocol Name="1 Read 0 Index" ProtocolType="1Read0Index" >。

b. 在 <ReadRef ReadName="Read 1"/> 和 <ReadRef ReadName="Read 2"/> 之前，在新行上输入以下暗循环步骤。

<DarkCycle ChemistryName="Dark Cycle Before First Base" />。

c. 针对每个所需的暗循环，在新行上输入暗循环步骤。
3. 保存配方 XML 文件。

以下是含暗循环步骤的样本配方：

<Protocol Name="1 Read 0 Index" ProtocolType="1Read0Index" >

<ChemistryRef ChemistryName="Start" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<ChemistryRef ChemistryName="BIX Mixing" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<ChemistryRef ChemistryName="ExAmp Transfer" />
<ChemistryRef ChemistryName="ExAmp Mixing" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<Obdd ChemistryName="Library Denaturation and Dilution" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<Obcg ChemistryName="Cluster Generation" />
<ChemistryRef ChemistryName="SBS Prime" />
<ChemistryRef ChemistryName="Read Prep" />
<DarkCycle ChemistryName="Dark Cycle Before First Base" />
<ReadRef ReadName="Read 1" />
<SetThermalZoneTemp Enable="false" Zone="FlowCellHeater" />

</Protocol>

<Protocol Name="1 Read 1 Index" ProtocolType="1Read1Index" >

<ChemistryRef ChemistryName="Start" />
<ChemistryRef ChemistryName="2min 60C Vacuum Hold" />
...

1. 在控制软件的 Run Setup（运行设置）中，选择 Custom Recipe（自定义配方）下面的 Choose（选择）。
2. 导航到更新好的配方 XML 文件。
3. 选择 Open（打开）。
4. 返回到启动标准 SBS 测序运行。