暗循环测序
此部分介绍如何在配方中使用暗循环测序。
暗循环测序仅用于完成测序循环的化学反应步骤。请查看 Illumina 支持网站上针对您所用的文库制备试剂盒的兼容产品页面，以确定是否需要暗循环测序。
按照下面的步骤执行暗循环测序。
| 1. | 如需请求编辑相应的配方 XML 文件，请联系 Illumina 技术支持。 |
| 2. | 编辑配方 XML 文件。 |
| a. | 导航至配方文件中的 <ReadDefinitions> 部分，然后找到 <ReadDefinition Name="Read 1"> 和 <ReadDefinition Name="Read 2"> 部分。 |
| b. | 在 <ReadDefinition Name="Read 1"> 中，在 <ImagingRef ImagingName="Cycle1Read1Imaging"/> 之前和 <ChemistryRef ChemistryName="FirstBase"/> 之后的新行中，添加以下暗循环步骤： |
<ChemistryRef ChemistryName="CompleteCycleReuse"/>。
| c. | 在 <ReadDefinition Name="Read 2">中，在 <ImagingRef ImagingName="Cycle1Read4Imaging"/> 之前和 <ChemistryRef ChemistryName="FirstBase"/> 之后新行中，添加暗循环步骤。 |
| 3. | 保存配方 XML 文件。 |
以下是含暗循环步骤的样本配方：
...
<ReadDefinitions>
<ReadDefinition Name="Read 1">
<CycleStepCollection Name="Cycle1" Cycles="1">
<ChemistryRef ChemistryName="FirstBase"/>
<ChemistryRef ChemistryName="CompleteCycleReuse"/>
<ImagingRef ImagingName="Cycle1Read1Imaging"/>
</CycleStepCollection>
<CycleStepCollection Name="CompleteCycle" Cycles="read1cycles-1">
<ChemistryRef ChemistryName="CompleteCycleReuse"/>
<ImagingRef ImagingName="CompleteCycleImaging" />
</CycleStepCollection>
</ReadDefinition>
...
<ReadDefinition Name="Read 2">
<CycleStepCollection Name="Cycle1" Cycles="1">
<ChemistryRef ChemistryName="FirstBase"/>
<ChemistryRef ChemistryName="CompleteCycleReuse"/>
<ImagingRef ImagingName="Cycle1Read4Imaging" />
</CycleStepCollection>
<CycleStepCollection Name="CompleteCycle" Cycles="read2cycles-1">
<ChemistryRef ChemistryName="CompleteCycleReuse"/>
<ImagingRef ImagingName="CompleteCycleImaging" />
</CycleStepCollection>
</ReadDefinition>
</ReadDefinitions>
...
