测序概述

在簇生成期间，单个 DNA 分子会粘附到流动槽 带有物理分隔泳道的玻璃载片。泳道覆盖着与文库接头序列互补的寡核苷酸，可使文库附着，以便进行测序运行。的表面，同时进行扩增以形成簇。

系统通过双通道化学反应（一个绿色通道和一个蓝色通道）来对簇成像，以便对四种核苷酸的数据编码。对流动槽上的一个小区成像后，随即会对下一个小区进行成像。每个测序循环都会重复此过程（每个循环大约需用时 5 分钟）。

图像分析之后，Real-Time Analysis (RTA4) 软件会执行碱基检出 确定特定循环中小区内每个簇的碱基（A、C、G 或 T）。、过滤和质量评分 计算每个碱基检出的一组质量预测因素，然后使用预测因素值来查阅 Q-score。。在运行进行时，NovaSeq X 系列控制软件 会自动将碱基检出文件 内含每次测序循环的每个簇的碱基检出及相关质量分值。 (*.CBCL) 传送到指定的输出位置，以进行数据分析。可使用 NovaSeq X 系列控制软件、Sequencing Analysis Viewer (SAV) 或 BaseSpace Sequence Hub 查看 RTA4 实时生成的质量指标。

测序完成后开始二次分析。二次数据分析方法视应用程序和系统配置而定。

BaseSpace Sequence Hub 和 Illumina Connected Analytics (ICA) 是用于数据分析、存储和运行监控的 Illumina 云计算环境。运行监控仅在 BaseSpace Sequence Hub 中可见。BaseSpace Sequence Hub 托管 DRAGEN 和 BaseSpace Sequence Hub 应用程序，其支持用于测序的常见分析方法。Illumina Connected Analytics 托管 ICA 管线的 DRAGEN。您可以使用预先构建的 ICA 管线，或使用测序和分析数据创建自定义管线。

如果在云中分析测序数据，CBCL 数据将自动上传到云，并可在 BaseSpace Sequence Hub 和 ICA 中获取。数据上传完成后，分析自动开始。

如果在本地分析测序数据，DRAGEN 二次分析在仪器内执行，输出文件将存储到选定的输出文件夹中。

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