测序概述

在簇生成期间，单个 DNA  分子被结合到流动槽具有物理分离的泳道的载玻片）的表面。泳道覆盖着与文库接头序列互补的寡核苷酸，可使文库附着，以便进行测序运行，并同时扩增形成簇。

系统通过双通道化学反应（一个绿色通道和一个蓝色通道）来对簇成像，以便对四种核苷酸的数据编码。对流动槽上的一个小区成像后，随即会对下一个小区进行成像。每个测序循环都会重复此过程（每个循环大约需用时 5 分钟）。

在图像分析之后，Real-Time Analysis（实时分析）（RTA4）软件执行碱基检出以在特定的周期确定图块中每个簇的碱基（A、C、G 或 T）。过滤和质量评分为每个碱基检出计算一组质量预测值，然后使用预测值查询 Q-score。。随着运行的进行，NovaSeq X 系列控制软件会自动传输碱基检出文件，其中包含每个测序周期中每个簇的碱基检出和相关质量分值。（*.CBCL）至指定的输出位置进行数据分析。 可以使用 NovaSeq X 系列控制软件 、Sequencing Analysis Viewer（测序分析查看器）（SAV）或 BaseSpace Sequence Hub 实时查看 RTA4 生成的质量指标。

测序完成后开始二次分析。二次数据分析方法视应用程序和系统配置而定。

BaseSpace Sequence Hub 和 Illumina Connected Analytics（ICA）是用于数据分析、存储和运行监控的 Illumina 云计算环境。运行监控仅在 BaseSpace Sequence Hub 中可见。BaseSpace Sequence Hub 负责托管 DRAGEN 和 BaseSpace Sequence Hub 应用程序，这些应用程序支持常见的测序分析方法。Illumina Connected Analytics 托管 ICA 管线的 DRAGEN。您可以使用预先构建的 ICA 管线，或使用测序和分析数据创建自定义管线。

如果在云中分析测序数据，CBCL 数据将自动上传到云，并可在 BaseSpace Sequence Hub 和 ICA 中获取。数据上传完成后，分析自动开始。

如果在本地分析测序数据，DRAGEN 二次分析在仪器内执行，输出文件将存储到选定的输出文件夹中。

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