Anwendungsspezifische Primer
Die Verwendung von anwendungsspezifischen Primern für einen Lauf auf einem NextSeq 1000/2000 Sequencing System erfordert die folgenden zusätzlichen Schritte während der Laufkonfiguration:
| • | Bereiten Sie das entsprechende Volumen für jeden anwendungsspezifischen Primer vor und überführen Sie es in die Reagenzienkartuschen-Position der anwendungsspezifischen Primer. |
| • | Wählen Sie die anwendungsspezifischen Primer während der Laufkonfiguration in der Steuerungssoftware aus. |
Alle anderen Schritte folgen dem Workflow für die Laufkonfiguration, der unter Konfigurieren des Laufmodus beschrieben ist.
Das NextSeq 1000/2000 Sequencing System ermöglicht die Verwendung von bis zu zwei anwendungsspezifischen Read-Primern oder anwendungsspezifischen Index-Primern pro anwendungsspezifischem Primer-Well. Es stehen zwei kundenspezifische Primer-Wells zur Verfügung, die die Verwendung von bis zu vier anwendungsspezifischen Primern pro Lauf ermöglichen.
Abhängig von Ihrem Bibliotheksvorbereitungskit müssen Sie möglicherweise Illumina-Primer-Mischungen verwenden. Weitere Informationen zum Einsatz von XLEAP-SBS-Chemiereagenzien finden Sie unter Anwendungsspezifische Primer VP21 und VP14 und Anwendungsspezifische Primer BP14 und HP21. Sowohl XLEAP-SBS als auch Standard-SBS-Read- und Index-Primer-Kits können austauschbar für alle Illumina-Bibliotheksvorbereitungen mit Ausnahme der Illumina DNA PCR-Free Library Prep verwendet werden. Die XLEAP-SBS-Kartusche enthält bereits die Primer für die Illumina DNA PCR-Free Library Prep, die Standard-SBS-Kartusche jedoch nicht.
Illumina kann die Leistung oder Kompatibilität von anwendungsspezifischen Primern nicht garantieren. Sie sind dafür verantwortlich, anwendungsspezifische Primer für die Sequenzierung auf dem NextSeq 1000/2000 Sequencing System zu validieren.
Anwendungsspezifische Primer und PhiX
Wenn während der Run-Einrichtung in der Steuerungssoftware anwendungsspezifische Primer ausgewählt werden, weist die Software das System an, Reagenzien aus den anwendungsspezifischen Wells 1 und 2 zu ziehen. Illumina-Primer werden während des Sequenzierungslaufs nicht für den Read- oder Index-Wert verwendet. Illumina-Primer sind Primer, die sich bereits in der Reagenzienkartuschenwells befinden.
Zur Sequenzierung benötigt die PhiX-Steuerung die Illumina-Standard-Primer. Wenn die Illumina-Primer nicht für Read 1 oder Read 2 verwendet werden, wird die optionale Illumina PhiX-Kontrolle nicht sequenziert. Illumina Primer müssen separat erworben werden, um bei dem Einsatz von anwendungsspezifischen Primern das Primen von PhiX und anderen Illumina-Bibliotheken zu ermöglichen. Weitere Informationen finden Sie im Abschnitt Vorbereiten und Hinzufügen von anwendungsspezifischen Primern.
Da PhiX nicht indiziert ist, werden für Index-Reads keine Sequenzierungsdaten aus der PhiX-Kontrolle generiert, unabhängig davon, welcher Index-Primer verwendet wird.
Die anwendungsspezifischen Primer VP21 und VP14
Wenn Ihr Bibliotheksvorbereitungskit die anwendungsspezifischen Primer „VP21 Custom Read 1 Primer“ oder „VP14 Custom Index 2 Primer“ erfordert, fahren Sie mit Hinzufügen von anwendungsspezifischen Primern zur Reagenzienkartusche fort. Die anwendungsspezifischen Primer VP21 und VP14 werden in der entsprechenden Arbeitskonzentration bereitgestellt und erfordern keine Vorbereitung. VP21 enthält VP10 für Illumina-DNA-PCR-Free-Bibliotheken.
Anwendungsspezifische Primer BP14 und HP21
Wenn Ihr Bibliotheksvorbereitungs-Kit die anwendungsspezifischen Primer „BP14 Custom Read 1 Primer“ oder „HP21 Custom Index 2 Primer“ erfordert, fahren Sie mit Hinzufügen von anwendungsspezifischen Primern zur Reagenzienkartusche fort. Die anwendungsspezifischen Primer BP14 und HP21 werden in der entsprechenden Arbeitskonzentration bereitgestellt und erfordern keine Vorbereitung.
