Dunkelzyklus-Sequenzierung
In diesem Abschnitt wird die Verwendung der Dunkelzyklus-Sequenzierung
Überprüfen Sie die Seite für das NextSeq 1000/2000 Sequencing System auf der Illumina-Support-Website, um zu sehen, ob eine anwendungsspezifische Rezeptur für Ihr Reagenzien-Kit verfügbar ist. Es gibt verschiedene anwendungsspezifische Rezepturen zwischen XLEAP-SBS und Standard-SBS. Wenn keine Rezeptur verfügbar ist, wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina.
Bei der Dunkelzyklus-Sequenzierung werden lediglich die Chemieschritte eines Sequenzierungszyklus durchgeführt. Prüfen Sie auf der Illumina-Support-Website auf der Seite „Compatible Products“ (Kompatible Produkte) für Ihr Bibliotheksvorbereitungskit, ob Dunkelzyklus-Sequenzierung erforderlich ist.
Für NextSeq 1000/2000 Control Software v1.3 (NextSeq 1000/2000 Steuerungssoftware Version 1.3) und höher wählt die Software mit Illumina Stranded Total RNA Prep mit Ribo-Zero Plus und Illumina Stranded mRNA Prep die entsprechende Dunkelzyklusrezeptur aus, wenn die Bibliotheksvorbereitung im Probenblatt angegeben ist.
Verwenden Sie die folgenden Schritte für die Dunkelzyklus-Sequenzierung.
Bearbeiten der Rezepturdatei
| 1. | Laden Sie die anwendungsspezifische XML-Rezepturdatei von der Seite zum NextSeq 1000/2000 Sequencing System auf der Illumina-Support-Website herunter. |
| 2. | Bearbeiten Sie die XML-Rezepturdatei. |
| a. | Ermitteln Sie den geeigneten Protokollabschnitt anhand der Read- und Indexsequenzierungskonfiguration. Pro anwendungsspezifischer Rezeptur sind sechs mögliche Protokolle vorhanden, die bearbeitet werden können. |
Beispielsweise lautet das Protokoll für ein Single-Read 1 ohne Indexsequenzierungskonfiguration <Protocol Name="1 Read 0 Index" ProtocolType="1Read0Index" >.
| b. | Geben Sie vor <ReadRef ReadName="Read 1"/> und <ReadRef ReadName="Read 2"/> den folgenden Dunkelzyklus-Sequenzierungsschritt in eine neue Zeile ein. |
<DarkCycle ChemistryName="Dark Cycle Before First Base" />.
| c. | Geben Sie den Dunkelzyklus-Sequenzierungsschritt für jeden erforderlichen Dunkelzyklus in eine neue Zeile ein. |
| 3. | Speichern Sie die XML Rezepturdatei. |
Im Folgenden finden Sie ein Beispiel für eine Rezeptur mit dem Dunkelzyklus-Schritt:
<Protocol Name="1 Read 0 Index" ProtocolType="1Read0Index" >
<ChemistryRef ChemistryName="Start" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<ChemistryRef ChemistryName="BIX Mixing" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<ChemistryRef ChemistryName="ExAmp Transfer" />
<ChemistryRef ChemistryName="ExAmp Mixing" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<Obdd ChemistryName="Library Denaturation and Dilution" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<Obcg ChemistryName="Cluster Generation" />
<ChemistryRef ChemistryName="SBS Prime" />
<ChemistryRef ChemistryName="Read Prep" />
<DarkCycle ChemistryName="Dark Cycle Before First Base" />
<ReadRef ReadName="Read 1" />
<SetThermalZoneTemp Enable="false" Zone="FlowCellHeater" />
</Protocol>
<Protocol Name="1 Read 1 Index" ProtocolType="1Read1Index" >
<ChemistryRef ChemistryName="Start" />
<ChemistryRef ChemistryName="2min 60C Vacuum Hold" />
...
Verknüpfen der Rezeptur mit einem Lauf
| 1. | Wählen Sie in der Steuerungssoftware unter„Run Setup“ (Laufkonfiguration) die Option Choose (Auswählen) unter „Custom Recipe“ (Anwendungsspezifische Rezeptur). |
| 2. | Navigieren Sie zur aktualisierten XML-Rezepturdatei. |
| 3. | Wählen Sie Open (Öffnen). |
| 4. | Wechseln Sie zurück zu Starten eines Standard-SBS-Sequenzierungslaufs. |
