Configurar una ejecución de secuenciación (modo manual)

Configurar una ejecución en modo manual significa especificar los parámetros de ejecución en el software de control y realizar un análisis sin instrumentos utilizando una aplicación que elija. El software guarda los datos en la carpeta de salida para el análisis. La generación de archivos FASTQ requiere un paso adicional. Si utiliza cebadores a medida, consulte la sección Cebadores a medida para obtener instrucciones de configuración de ejecución.

1. Si el sistema está configurado para el análisis, la colaboración y el almacenamiento de ejecuciones utilizando BaseSpace Sequence Hub, cree una hoja de muestra para la ejecución:
a. Descargue la Plantilla de hoja de muestra del sistema iSeq 100 para modo manual. Consulte la página Descargas de software del sistema de secuenciación iSeq 100 en el centro de soporte de Illumina para obtener más información.
b. Modifique la plantilla según sea necesario. Asegúrese de que:
• Las secuencias de adaptador de índice 2 (i5) estén en la orientación correcta. Para ver las orientaciones, consulte Secuencias del adaptador Illumina (1000000002694).
• Los valores de la hoja de muestra deben coincidir con los valores del software de control. Por ejemplo, introduzca 151 en el campo Read 1 (Lectura 1) de la hoja de muestra y en la pantalla Run Setup (Configuración de ejecución).
c. Guarde la plantilla en formato de archivo CSV.
2. Seleccionar Sequence (Secuencia) en el software de control.

El software abre la puerta en ángulo, expulsa la bandeja e inicia la serie de pantallas de configuración de ejecución.

3. [Opcional] Seleccione Help (Ayuda) para ver un aviso en pantalla.

Aparecen indicaciones de ayuda en todas las pantallas para proporcionar orientación complementaria.

1. Asegúrese de que el cartucho esté descongelado y contenga la celda de flujo y la biblioteca diluida.
2. Coloque el cartucho en la bandeja de modo que la ventana de acceso quede hacia arriba y la celda de flujo esté dentro del instrumento. No empuje el cartucho ni la bandeja dentro del instrumento.

3. Seleccione Close Door (Cerrar puerta) para retraer el cartucho y cerrar la puerta.

Aparece un panel en el lado izquierdo de la pantalla para mostrar información de los insumos escaneados.

Aparece la pantalla de BaseSpace Sequence Hub cuando el sistema está configurado como Run Monitoring (Ejecutar monitoreo) o Run Monitoring (Ejecutar monitoreo y almacenamiento).

1. Para desconectar la ejecución actual de BaseSpace Sequence Hub, seleccione Skip BaseSpace Sequence Hub Sign In (Omitir inicio de sesión de BaseSpace Sequence Hub).

Los datos de rendimiento del instrumento aún se envían a Illumina.

2. Para cambiar la conectividad de la ejecución actual, seleccione una opción de configuración:
• Run Monitoring Only (Ejecutar solo monitoreo): enviar solo archivos InterOp a BaseSpace Sequence Hub para permitir el monitoreo remoto.
• Run Monitoring and Storage (Ejecutar monitoreo y almacenamiento): enviar los datos de ejecución a BaseSpace Sequence Hub para permitir el monitoreo y análisis remotos.
3. Introduzca sus credenciales de BaseSpace Sequence Hub y luego seleccione Sign In (Iniciar sesión).
4. Si aparece la lista Available Workgroups (Grupos de trabajo disponibles), seleccione un grupo de trabajo al que cargar datos de ejecución.

La lista aparece cuando pertenece a varios grupos de trabajo.

5. Seleccione Run Setup (Configuración de ejecución).
1. En el campo Run Name (Nombre de ejecución), introduzca un nombre único de su preferencia para identificar la ejecución actual.

El nombre de la ejecución puede contener caracteres alfanuméricos, guiones y guiones bajos.

2. En Read Type (Tipo de lectura), seleccione una de las siguientes opciones:
• Single Read (Lectura única): realiza una lectura de secuenciación, que es la opción más rápida y simple.
• Paired End (Extremo emparejado): realiza dos lecturas de secuenciación, lo que genera datos de mayor calidad y proporciona una alineación más precisa.
3. En Read Cycle (Ciclo de lectura), introduzca el número de ciclos que se realizarán en cada lectura.
• En Read 1 (Lectura 1) y Read 2 (Lectura 2), agregue un ciclo al número deseado de ciclos.
• Para una ejecución de PhiX únicamente, introduzca 0 en ambos campos del índice.

Lectura

Cantidad de ciclos

Lectura 1

26–151

Índice 1

Hasta 10

Índice 2

Hasta 10

Lectura 2

26–151

La Lectura 2 suele tener el mismo valor que la Lectura 1, incluido el ciclo adicional. El Índice 1 secuencia el adaptador de índice i7, y el Índice 2 secuencia el adaptador de índice i5.

4. Para especificar una carpeta de salida para la ejecución actual o cargar una hoja de muestra, seleccione Avanzado:
• En el campo Output Folder (Carpeta de salida), introduzca la ruta a la ubicación de la carpeta de salida o seleccione Browse (Examinar) y navegue.
• En el campo Sample Sheet (Hoja de muestra), introduzca la ruta a la ubicación de la hoja de muestra o seleccione Browse (Examinar) y navegue.
5. Seleccione Start Run (Iniciar ejecución) para iniciar la verificación previa a la ejecución.

Las verificaciones previas a la ejecución incluyen una verificación del instrumento y una verificación del flujo. El control de flujo perfora los sellos del cartucho y pasa el reactivo a través de la celda de flujo, por lo que los insumos no pueden reutilizarse después de que se inician.

1. Espere unos 15 minutos para que se completen las verificaciones previas a la ejecución.

La ejecución comienza automáticamente después de la finalización exitosa. A menos que el sistema esté silenciado, un sonido de timbre indica que la ejecución se ha iniciado.

Abrir la puerta durante la verificación previa a la ejecución o la ejecución puede causar una falla de ejecución.

2. Si se produce un error durante la comprobación del instrumento , seleccione Retry (Reintentar) para volver a realizar la verificación.

La verificación del instrumento precede a la verificación del flujo. Cuando hay una verificación en curso, la barra se anima.

3. Si se repite un error, consulte la sección Resolución de mensajes de error para solucionar el problema.
1. Monitoree el progreso de la ejecución y las métricas a medida que aparecen en la pantalla Sequencing (Secuenciación) después del ciclo 26.

Métrica

Descripción

%Q30 Lectura 1

El porcentaje de llamadas base de Lectura 1 con una puntuación Q ≥30.

% de PF de clústeres

Porcentaje de clústeres que pasaron filtros de calidad.

% de ocupación

El porcentaje de pocillos de celdas de flujo que contienen clústeres.

Rendimiento total proyectado

La cantidad esperada de bases solicitadas para la ejecución.
2. Para monitorear la copia de archivos y otros procesos de ejecución, seleccione el menú de software de control y, a continuación, seleccione Process Management (Administración de procesos).
1. Cuando esté completa la secuenciación, seleccione Eject Cartridge (Expulsar cartucho).

El software expulsa el cartucho usado del instrumento.

2. Retire el cartucho de la bandeja.
3. Retire la celda de flujo del cartucho.
4. Deseche la celda de flujo, que tiene componentes electrónicos, de acuerdo con las directivas aplicables para su región.
5. Deseche el cartucho, que contiene reactivos usados, de acuerdo con las directivas aplicables para su región.

No es necesario un lavado posterior a la ejecución porque los fluidos se desechan con el cartucho.

Este conjunto de reactivos contiene sustancias químicas potencialmente peligrosas. Pueden producirse heridas por inhalación, ingestión y contacto con la piel y los ojos. La ventilación debe ser adecuada para la manipulación de materiales peligrosos en reactivos. Use equipo de protección, incluidos protección ocular, guantes y bata de laboratorio adecuados para el riesgo de exposición. Manipule los reactivos usados como residuos químicos y deséchelos de acuerdo con las leyes y reglamentaciones regionales, nacionales y locales aplicables. Para obtener información adicional sobre el medio ambiente, la salud y la seguridad, consulte la SDS en support.illumina.com/sds.html.

6. Seleccione Close Door (Cerrar puerta) para volver a cargar la bandeja y volver a la pantalla de inicio.

El software recarga automáticamente la bandeja y los sensores confirman la extracción del cartucho.