Considérations relatives au séquençage XLEAP-SBS

Avant de commencer le protocole, examiner les informations suivantes pour préparer la dilution des bibliothèques et la configuration de l’analyse. Atteindre la concentration de charge optimale est essentiel pour un séquençage et une analyse réussis. La saisie du nombre correct de cycles dans une lecture permet de garantir une sortie optimale des données.

Pour plus d’informations sur la planification d’une série dans BaseSpace Sequence Hub, reportez-vous à la section BaseSpace Sequence Hub.

Pour plus d’informations sur le volume et la concentration de charge, reportez-vous à la section Générateur du protocole de dénaturation et de dilution.

Nombre de cycles dans une lecture

Pour chaque lecture, la saisie d’un minimum de 26 cycles et d’un maximum de 301 cycles permet de garantir la qualité des données. Le nombre exact de cycles dépend de votre expérience. Le NextSeq 1000/2000 Control Software nécessite au moins 1 cycle pour la lecture 1, mais affiche un avertissement lorsque le nombre de cycles de la lecture 1 est inférieur à 26.

Le nombre total de cycles pour la lecture 1, l’index 1, l’index 2 et la lecture 2 ne peut être supérieur au nombre de cycles pris en charge par le trousse plus 38 cycles. Le NextSeq 1000/2000 Control Software affiche un avertissement lorsque l’index 1 et 2 sont inférieurs à 6 cycles. L’avertissement ne s’affiche pas si l’Index 1 ou l’Index 2 sont de 0 cycle.

Les numéros de cycle minimum et maximum incluent un cycle supplémentaire. Ajoutez toujours un cycle à la durée de Lecture souhaitée pour corriger les effets du phasage et du préphasage. La durée de lecture correspond au nombre de cycles de séquençage dans Lecture 1 et Lecture 2, qui exclut les cycles supplémentaires et les cycles d’indexation. Pour en savoir plus, reportez-vous à Phasing Correction (Correction de phasage) dans Flux de travail de Real-Time Analysis.

Exemple de configuration d’analyse :

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Pour une longueur de lecture de 35 (lecture unique), saisissez 36 dans le champ Read 1 (Lecture 1).

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Pour une longueur de lecture de 150 par lecture (extrémité appariée), saisissez 151 dans le champ Read 1 (Lecture 1) et 151 dans le champ Read 2 (Lecture 2).

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Pour une longueur de lecture de 300 par lecture (extrémité appariée), saisissez 301 dans le champ Read 1 (Lecture 1) et 301 dans le champ Read 2 (Lecture 2).