カスタムプライマー
NextSeq 1000/2000システムでのランにカスタムプライマーを使用するには、ランセットアップ中に次の追加ステップが必要です。
• | 各カスタムプライマーを適量調製し、試薬カートリッジのカスタムプライマー位置に添加します。 |
• | ランセットアップ中にコントロールソフトウェアでカスタムプライマーを選択します。 |
他のすべてのステップについては、「ランモードの設定」に記載されているランセットアップのワークフローに従います。
NextSeq 1000/2000では、カスタムプライマーウェルごとに最大で2種類のカスタムリードプライマーまたは2種類のカスタムインデックスプライマーを使用できます。使用できるカスタムプライマーウェルは2つあり、ランごとに最大で4種類のカスタムプライマーを使用できます。
使用する ライブラリー調製キットに応じて、イルミナプライマーミックスの使用が必要になる場合があります。XLEAP-SBS化学試薬を使用する場合、詳細については、「VP21およびVP14カスタムプライマー」および「BP14およびHP21カスタムプライマー」を参照してください。XLEAP-SBSおよびStandard SBS Read and Index Primer Kitのどちらも、Illumina DNA PCR-Free Library Prepを除く、すべてのイルミナライブラリー調製キットで使用できます。XLEAP-SBSカートリッジには、Illumina DNA PCR-Free Library Prep用のプライマーが事前に含まれていますが、スタンダードSBSのカートリッジには含まれていません。
イルミナは、カスタムプライマーの性能や適合性を保証しません。NextSeq 1000/2000システムでの シーケンスに使用するカスタムプライマーの検証は、ユーザーの責任で行ってください。

ランセットアップ中にコントロールソフトウェアでカスタムプライマーを選択すると、カスタム1およびカスタム2ウェルから試薬が吸い上げられます。イルミナプライマーは、シーケンスラン中にリードやインデックスで使用されません。イルミナプライマーとは、最初から試薬カートリッジウェルにあるプライマーを指します。
PhiXコントロールをシーケンスするには、標準のイルミナプライマーが必要です。イルミナプライマーがRead 1およびRead 2で使用されない場合、オプションのPhiXコントロールはシーケンスされません。カスタムプライマーの使用時にPhiXやその他のイルミナライブラリーをプライミングできるようにするには、別売りのイルミナプライマーを購入する必要があります。詳細については、「カスタムプライマーの調製と添加」を参照してください。
PhiXはインデックス化されていないため、どのインデックスプライマーを使用する場合でも、インデックスリードに対してPhiXコントロールのシーケンスデータは生成されません。

使用するライブラリー調製キットでVP21 Custom Read 1 PrimerまたはVP14 Custom Index 2 Primerが必要な場合は、「試薬カートリッジへのカスタムプライマーの添加」に進みます。VP21およびVP14カスタムプライマーは適切な作用濃度で提供されており、調製する必要はありません。VP21には、イルミナDNA PCR-Freeライブラリー用のVP10が含まれています。

使用するライブラリー調製キットでBP14 Custom Read 1 PrimerまたはHP21 Custom Index 2 Primerが必要な場合は、「試薬カートリッジへのカスタムプライマーの添加」に進みます。BP14およびHP21カスタムプライマーは適切な作用濃度で提供されており、調製する必要はありません。