シーケンスランの設定（Manualモード）

Manualモードでランをセットアップする場合、コントロールソフトウェアでランパラメーターを指定し、任意のアプリケーションを使用して装置外で解析を行うことになります。ソフトウェアは解析用のデータを出力フォルダーに保存します。FASTQファイルの生成には追加のステップが必要になります。カスタムプライマーを使用する場合のランセットアップ手順については、「カスタムプライマー」を参照してください。

1. システムがBaseSpace Sequence Hubを使用してランの解析、共有、保存を行うように設定されている場合は、ランのサンプルシートを作成します。
a. 『iSeq 100 System Sample Sheet Template for Manual Mode』をダウンロードします。詳細については、イルミナサポートセンターのiSeq 100システムソフトウェアダウンロードページを参照してください。
b. 必要に応じてテンプレートを変更します。次のことを確認してください。
• インデックス2（i5）アダプターシーケンスの向きが正しいこと。向きについては、『Illumina Adapter Sequences』（1000000002694）を参照してください。
• サンプルシートの値がコントロールソフトウェアの値と一致していること。例えば、サンプルシートと［Run Setup］画面のRead 1のフィールドがどちらも151になっていることを確認します。
c. テンプレートをCSVファイル形式で保存します。
2. コントロールソフトウェアで［Sequence］を選択します。

ソフトウェアはドアを斜めに開き、トレイを出し、一連のランセットアップ画面を開始します。

3. （オプション）［Help］を選択して、画面上のプロンプトを表示します。

各画面に、補足ガイダンスを示すプロンプトが表示されます。

1. カートリッジが融解されており、フローセルと希釈済みライブラリーがロードされていることを確認します。
2. アクセスウィンドウを上に向け、フローセルが装置の奥側に来るように、カートリッジをトレイに載せます。カートリッジまたはトレイを装置に押し込まないでください。

3. ［Close Door］を選択します。カートリッジが収納され、ドアが閉じます。

画面の左側に、スキャンした消耗品の情報を示すパネルが表示されます。

システムが［Run Monitoring］または［Run Monitoring and Storage］に設定されている場合は、［BaseSpace Sequence Hub］画面が表示されます。

1. BaseSpace Sequence Hubから現在のランの接続を切断するには、［Skip BaseSpace Sequence Hub Sign In］を選択します。

装置性能データは引き続きイルミナに送信されます。

2. 現在のランの接続を変更するには、設定オプションを選択します。
• Run Monitoring Only：InterOpファイルのみをBaseSpace Sequence Hubに送信し、リモートモニタリングを可能にします。
• Run Monitoring and Storage：ランデータをBaseSpace Sequence Hubに送信し、リモートモニタリングと解析を可能にします。
3. BaseSpace Sequence Hubのユーザー名とパスワードを入力し、［Sign In］を選択します。
4. ［Available Workgroups］リストが表示された場合は、ランデータのアップロード先のワークグループを選択します。

このリストは複数のワークグループに属している場合に表示されます。

5. ［Run Setup］を選択します。
1. ［Run Name］フィールドに、現在のランを識別する任意の重複しない名前を入力します。

ラン名には英数字、ハイフン、およびアンダースコアを使用できます。

2. ［Read Type］で、次のオプションのいずれかを選択します。
• Single Read：1回のシーケンスリードを実行します。このオプションの方が簡単で、短時間で終わります。
• Paired End：2回のシーケンスリードを実行します。高品質なデータを生成し、より精度の高いアライメントが得られます。
3. ［Read Cycle］に、各リードで実行するサイクル数を入力します。
• Read 1とRead 2では、必要なサイクル数に1サイクルを加えます。
• PhiXのみのランの場合は、両方のインデックスフィールドに0を入力します。

リード

サイクル数

Read 1

26～151

Index 1

最大10

Index 2

最大10

Read 2

26～151

Read 2は、通常、追加のサイクルを含め、Read 1と同じ値です。Index 1はi7インデックスアダプターをシーケンスし、Index 2はi5インデックスアダプターをシーケンスします。

4. 現在のランの出力フォルダーを指定するか、またはサンプルシートをアップロードするには、［Advanced］を選択します。
• ［Output Folder］フィールドで、出力フォルダーの場所へのパスを入力するか、［Browse］を選択して目的の場所に移動します。
• ［Sample Sheet］フィールドで、サンプルシートの場所へのパスを入力するか、［Browse］を選択して目的の場所に移動します。
5. ［Start Run］を選択し、プレランチェックを開始します。

プレランチェックには装置チェックおよびフローチェックが含まれます。フローチェックはカートリッジシールに穴をあけ、フローセルに試薬を流すため、フローチェックを開始した後、消耗品は再使用できません。

1. プレランチェックが完了するまで約15分待ちます。

正常に完了すると、ランが自動的に開始します。システムを消音にしない限り、チャイム音がランの開始を知らせます。

プレランチェック中またはラン中にドアを開けるとランの失敗の原因となります。

2. 装置チェック中にエラーが発生した場合は、［Retry］を選択し、チェックをやり直します。

まず装置チェックが実施され、続いてフローチェックが実施されます。チェックが進行中のとき、そのチェックを示すバーが表示されます。

3. エラーが再び発生した場合は、「エラーメッセージの解消」を参照してトラブルシューティングを行います。
1. ランの進捗状況と、サイクル26の後に［Sequencing］画面に表示されるメトリクスをモニターします。

メトリクス

内容説明

%Q30 Read 1

Qスコア30以上のRead 1ベースコールの割合

%Clusters PF

クオリティフィルターをパスしたクラスターの割合

%Occupancy

クラスターが形成されたフローセルウェルの割合

Projected Total Yield

そのランに対して予測されるベースコール数
2. ファイルのコピーやその他のランのプロセスをモニターするには、コントロールソフトウェアメニューを選択してから［Process Management］を選択します。
1. シーケンスが完了したら、［Eject Cartridge］を選択します。

装置から使用済みカートリッジが排出されます。

2. トレイからカートリッジを取り出します。
3. フローセルをカートリッジから取り出します。
4. 各地域の適切な基準に従って、電子部品を含むフローセルを廃棄します。
5. 各地域の適切な基準に従って、使用済み試薬を含むカートリッジを廃棄します。

フルイディクスはカートリッジとともに廃棄するため、ポストランウォッシュは必要ありません。

この試薬一式には有害な可能性のある化学物質が含まれます。吸引、嚥下、皮膚への接触、目への接触により身体傷害を生じる危険があります。試薬中の有害物質に対処するため、適切に換気する必要があります。曝露リスクに適したゴーグル、手袋、実験着などの保護具を着用してください。使用済み試薬は化学廃棄物として取り扱い、各地域、国、および現地の適用法に従って廃棄してください。環境、健康、および安全の情報について詳しくは、jp.support.illumina.com/sds.htmlに掲載のSDSを参照してください。

6. ［Close Door］を選択します。トレイが収納され、［Home］画面に戻ります。

自動的にトレイが収納され、カートリッジが取り出されたことがセンサーで確認されます。