Aangepaste primers

Het gebruik van aangepaste primers voor een run op een NextSeq 1000/2000 Sequencing System vereist twee extra stappen tijdens het instellen van de run:

• Bereid het juiste volume van elke aangepaste primer voor en voeg het toe aan de aangepaste primerposities van de reagenscartridge.
• Selecteer de aangepaste primers in de besturingssoftware tijdens het instellen van de run.

Alle andere stappen volgen de workflow voor het instellen van de run die wordt beschreven in Runmodus configureren.

Met NextSeq 1000/2000 kunnen maximaal twee aangepaste bepalingsprimers of twee aangepaste indexprimers per aangepaste primerwell worden gebruikt. Er zijn twee aangepaste primerwells beschikbaar, waardoor het gebruik van maximaal vier aangepaste primers per run mogelijk is.

Afhankelijk van uw bibliotheekvoorbereidingskit, moet u mogelijk Illumina-primermengsels gebruiken. Raadpleeg bij gebruik van XLEAP-SBS-chemiereagentia VP21 en VP14 aangepaste primers en BP14 en HP21 aangepaste primers voor meer informatie. Zowel XLEAP-SBS als standaard SBS bepalings- en indexprimerkits kunnen door elkaar worden gebruikt voor alle Illumina-bibliotheekvoorbereidingen, behalve voor Illumina DNA PCR-vrije bibliotheekvoorbereidingskits. De XLEAP-SBS-cartridge bevat al de primers voor Illumina DNA PCR-vrije bibliotheekvoorbereidingen, maar de standaard SBS-cartridge niet.

Illumina kan de prestaties of compatibiliteit van aangepaste primers niet garanderen. U bent verantwoordelijk voor het valideren van aangepaste primers voor sequencing op het NextSeq 1000/2000 Sequencing System.

Wanneer aangepaste primers worden geselecteerd in de besturingssoftware tijdens het instellen van de run, geeft de software het systeem opdracht om reagentia uit de aangepaste 1- en aangepaste 2-wells te halen. Illumina-primers worden niet gebruikt voor de bepaling of index tijdens de sequencing-run. Illumina-primers verwijzen naar primers die al in de wells van de reagenscartridge zitten.

Voor sequencing vereist de PhiX-besturing de standaard Illumina-primers. Als er geen Illumina‑primers worden gebruikt voor Bepaling 1 of Bepaling 2, wordt de optionele PhiX‑controle niet gesequencet. Illumina-primers moeten afzonderlijk worden aangeschaft om het primen van PhiX en andere Illumina-bibliotheken mogelijk te maken wanneer aangepaste primers worden gebruikt. Raadpleeg het gedeelte Aangepaste primers voorbereiden en toevoegen voor meer informatie.

Omdat PhiX niet is geïndexeerd, worden er geen sequencinggegevens van de PhiX‑controle gegenereerd voor indexbepalingen, ongeacht welke indexeringsprimer wordt gebruikt.

Als uw bibliotheekvoorbereidingskit VP21 Custom Read 1 Primer (VP21 Aangepaste bepaling 1 primer) of VP14 Custom Index 2 Primer (VP14 Aangepaste index 2 primer) vereist, gaat u verder naar Aangepaste primers toevoegen aan de reagenscartridge. VP21 en VP14 aangepaste primers worden geleverd met de juiste werkconcentratie en hoeven niet te worden voorbereid. VP21 bevat VP10 voor Illumina DNA PCR-vrije bibliotheken.

Als uw bibliotheekvoorbereidingskit BP14 aangepaste bepalingsprimer 1 of HP21 aangepaste indexprimer 2 vereist, gaat u verder naar Aangepaste primers toevoegen aan de reagenscartridge. De BP14 en HP21 aangepaste primers worden geleverd met de juiste werkconcentratie en hoeven niet te worden voorbereid.