初始化 XLEAP-SBS 定序執行

此步驟將在以下四個模式其中之一內初始化 XLEAP-SBS 定序執行：

• [Cloud]（雲端）模式 — 從 NextSeq 1000/2000 控制軟體的規劃執行清單中選擇執行。在定序期間，CBCL 資料會上傳至 BaseSpace Sequence Hub。在定序之後，BaseSpace Sequence Hub 中的 DRAGEN 便會自動啟動。
• [Hybrid ]（混合）模式 — 從 NextSeq 1000/2000 控制軟體的規劃執行清單中選擇執行。定序後，儀器上分析會自動開始。CBCL 資料和 DRAGEN 次要分析輸出檔案儲存在選擇的輸出資料夾中。
• [Local]（本機）模式 — 將 v2 檔案格式的樣本工作表手動匯入至 NextSeq 1000/2000 控制軟體。定序後，儀器上分析會自動開始。CBCL 資料和 DRAGEN 次要分析輸出檔案儲存在選擇的輸出資料夾中。如果選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），則在定序完成後，亦可透過 BaseSpace Sequence Hub 應用程式啟動分析。
• [Standalone]（獨立）模式 — 設定執行，並按照 NextSeq 1000/2000 控制軟體中的指示生成 CBCL 資料。

在執行前檢查或執行期間打開擋板會導致執行失敗。

在擋板開啟和關閉期間，請勿觸碰儀器以免受傷。

1. 按照「設定執行模式」中的說明設定執行模式。
2. 選擇 [Start]（開始）。
3. 輸入您的 BaseSpace Sequence Hub 登入認證，然後選擇 [Sign In]（登入）。
4. 如果您選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），請選擇包含您在 BaseSpace Sequence Hub 的 [Run Planning]（執行規劃）中所建立執行的工作群組。

必須選擇工作群組才能避免發生錯誤。請確認您已選擇工作群組，然後再繼續進行。

5. 選擇 [Next]（下一步)。
6. 選擇您的執行。
7. 確認分析、執行長度及次要分析版本是否與正確的執行相符。

分析顯示 Cloud_，以表明分析發生在BaseSpace Sequence Hub 中。

8. 選擇 [Review]（檢視）。
9. [選用] 輸入自訂讀數引子和自訂索引引子位置。

如需有關準備和新增自訂引子的資訊，請參閱「自訂引子」。請務必造訪基因庫準備試劑組的「相容產品」頁面，以確認是否需要使用 Illumina 自訂引子。

10. [選用] 選擇自訂配方。如需詳細資訊，請參閱「暗週期定序」。

如果使用 Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus 組件或 Illumina Stranded mRNA Prep 組件，系統將自動選擇自訂配方。

11. [選用] 若要手動變性和稀釋基因庫，請取消選擇 [Denature and Dilute On Board]（機上變性和稀釋）核取方塊。請參閱「XLEAP-SBS 手動變性與稀釋」。

NextSeq 1000/2000 控制軟體設定中已設定此預設選項。

12. [選用] 若要變更輸出資料夾，請選擇 [Output Folder]（輸出資料夾）欄位，然後輸入新的位置。

系統會從預設設定自動填入 [Output Folder]（輸出資料夾）欄位，而且除非已選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），否則必須使用此欄位。

如果您選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），則 [Save to BaseSpace Sequence Hub]（儲存至 BaseSpace Sequence Hub）會顯示 [Enabled]（啟用）。

如果您選擇 [Proactive and Run Monitoring]（Proactive 和執行監控），則 [Save to BaseSpace Sequence Hub]（儲存至 BaseSpace Sequence Hub）會顯示 [Disabled]（停用）。

13. 檢視您的執行資訊，然後選擇 [Prep]（準備）。
1. 按照「設定執行模式」中的說明設定執行模式。
2. 選擇 [Start]（開始）。
3. 如果您選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存）或 [Proactive and Run Monitoring]（Proactive 和執行監控），請輸入您的 BaseSpace Sequence Hub 登入認證，然後選擇 [Sign In]（登入）。
4. 如果您選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），請選擇要將執行儲存在其中的 BaseSpace Sequence Hub 工作群組，然後選擇 [Next]（下一步）。

必須選擇工作群組才能避免發生錯誤。請確認您已選擇工作群組，然後再繼續進行。

5. 選擇 [Start With Sample Sheet]（開始使用樣本工作表）下方的 [Choose...]（選擇……），然後在 NextSeq 1000/2000 儀器、可攜式磁碟機或掛載的網路磁碟機上，瀏覽至 v2 樣本工作表。樣本工作表檔案名稱不可包含特殊字元。

NextSeq 1000/2000 控制軟體 v1.3 或更高版本會自動偵測樣本工作表中的 DRAGEN 版本，且如有需要，會提示您切換版本。系統必須安裝此 DRAGEN 版本。如需安裝資訊，請參閱「軟體更新」。

• Run Planning Used（使用執行規劃） — 選擇包含樣本工作表 v2 和支援檔案的 .zip 資料夾（若適用)。否則，請選擇樣本工作表 v2。
• Run Planning Not Used（未使用執行規劃） — 確認次要分析支援檔案與樣本工作表 v2 在同一個目錄中。

所選樣本工作表必須為 v2 格式。若要建立樣本工作表 v2，請從 BaseSpace Sequence Hub 的 [Run Planning]（執行規劃）下載產生的樣本工作表，或編輯 NextSeq 1000/2000 支援頁面提供的樣本工作表 v2 範本。如需樣本工作表 v2 格式及要求的詳細資訊，請參閱樣本工作表 v2 資源。確認樣本工作表中參考的所有檔案與樣本工作表在同一個資料夾中。

6. 選擇 [Review]（檢視）。
7. [選用] 輸入自訂讀數引子和自訂索引引子位置。

如需有關準備和新增自訂引子的資訊，請參閱「自訂引子」。請務必造訪基因庫準備試劑組的「相容產品」頁面，以確認是否需要使用 Illumina 自訂引子。

8. [選用] 選擇自訂配方。如需詳細資訊，請參閱「暗週期定序」。

如果使用 Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus 組件或 Illumina Stranded mRNA Prep 組件，系統將自動選擇自訂配方。

9. [選用] 若要手動變性和稀釋基因庫，請取消選擇 [Denature and Dilute On Board]（機上變性和稀釋）核取方塊。請參閱「XLEAP-SBS 手動變性與稀釋」。

NextSeq 1000/2000 控制軟體設定中已設定此預設選項。

10. [選用] 若要變更輸出資料夾，請選擇 [Output Folder]（輸出資料夾）欄位，然後輸入新的位置。

系統會從預設設定自動填入 [Output Folder]（輸出資料夾）欄位，而且除非已選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），否則必須使用此欄位。

如果您選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），則 [Save to BaseSpace Sequence Hub]（儲存至 BaseSpace Sequence Hub）會顯示 [Enabled]（啟用）。

如果您選擇 [Proactive and Run Monitoring]（Proactive 和執行監控），則 [Save to BaseSpace Sequence Hub]（儲存至 BaseSpace Sequence Hub）會顯示 [Disabled]（停用）。

11. 檢視您的執行資訊，然後選擇 [Prep]（準備）。
1. 按照「設定執行模式」中的說明設定執行模式。
2. 選擇 [Start]（開始）。
3. 如果您選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存）或 [Proactive and Run Monitoring]（Proactive 和執行監控），請輸入您的 BaseSpace Sequence Hub 登入認證，然後選擇 [Sign In]（登入）。
4. 如果您選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），請選擇要將執行儲存在其中的 BaseSpace Sequence Hub 工作群組，然後選擇 [Next]（下一步）。
5. 選擇 [Set Up New Run]（設定新的執行）。
6. 在 [Run Name]（執行名稱）欄位中，輸入您想要用於識別目前執行的唯一名稱。

執行名稱可包含英數字元、虛線、連字號及底線。

7. 針對 [Read Type]（讀數類型），請選擇要執行的定序讀數數量：
• Single Read（單一讀數） — 執行單一讀數，這是比較簡單、快速的選項。
• Paired End（雙端） — 執行兩個讀數，兩者一致可產生品質較高的資料，校準時也更加精確。
8. 輸入在每個讀數中執行的循環數：

索引循環數沒有上限，但讀數循環和索引循環的總和必須小於匣標籤上指示的循環數加上 38 次循環數。請參閱「支援的循環數」。

• Read 1（讀數 1） — 輸入 26-301 次循環。
• Index 1（索引 1） — 輸入索引 1 (i7) 引子的週期數。僅執行 PhiX 時，請於兩個索引欄位中輸入 0。
• Index 2（索引 2） — 輸入索引 2 (i5) 引子的週期數。
• Read 2（讀數 2） — 輸入最多 301 次循環。此值通常與讀數 1 的值相同。
9. 如果您選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），請選擇 [Choose...]（選擇...）以匯入樣本工作表。

NextSeq 1000/2000 控制軟體 v1.3 或更高版本會自動偵測樣本工作表中的 DRAGEN 版本，且如有需要，會提示您切換版本。系統必須安裝此 DRAGEN 版本。如需安裝資訊，請參閱「軟體更新」。

所選樣本工作表必須為 v2 格式。若要建立樣本工作表 v2，請從 BaseSpace Sequence Hub 的 [Run Planning]（執行規劃）下載產生的樣本工作表，或編輯 NextSeq 1000/2000 支援頁面提供的樣本工作表 v2 範本。如需樣本工作表 v2 格式及要求的詳細資訊，請參閱樣本工作表 v2 資源。確認樣本工作表中參考的所有檔案與樣本工作表在同一個資料夾中。

10. [選用] 輸入自訂讀數引子和自訂索引引子位置。

如需有關準備和新增自訂引子的資訊，請參閱「自訂引子」。請務必造訪基因庫準備試劑組的「相容產品」頁面，以確認是否需要使用 Illumina 自訂引子。

11. [選用] 選擇自訂配方。如需詳細資訊，請參閱「暗週期定序」。
12. [選用] 若要手動變性和稀釋基因庫，請取消選擇 [Denature and Dilute On Board]（機上變性和稀釋）核取方塊。請參閱「標準 SBS 手動變性與稀釋」。

NextSeq 1000/2000 控制軟體設定中已設定此預設選項。

13. [選用] 若要變更輸出資料夾，請選擇 [Output Folder]（輸出資料夾）欄位，然後輸入新的位置。

系統會從預設設定自動填入 [Output Folder]（輸出資料夾）欄位，而且除非已選擇 [Proactive, Run Monitoring and Storage]（Proactive、執行監控和儲存），否則必須使用此欄位。

14. 選擇 [Prep]（準備）。
1. 載入流通池（灰色耳片已取下）和稀釋的基因庫之前，請確認匣先前已解凍並根據「準備匣」進行準備。
2. 選擇 [Load]（載入）。

NextSeq 1000/2000 控制軟體會開啟擋板並退出托盤。

3. 將匣放在托盤上，讓標籤朝上且流通池位於儀器內。將匣推入，直到其卡至定位。

4. 選擇 [Close]（關閉）以收回匣並關閉擋板。

NextSeq 1000/2000 控制軟體會在約 3 分鐘後顯示已掃描耗材的資訊。

5. [選用] 選擇 [Eject Cartridge]（退出匣）以取出匣。

擋板會在 1 分鐘後開啟並退出匣。

6. 選擇 [Sequence]（定序）。

執行前檢查包含儀器檢查和流體檢查。流體檢查會刺穿匣封口，並導致儀器產生 3-4 個噴出聲。預期會發出此聲音。試劑現在已通過流通池。

流體檢查開始後，即無法重複使用耗材。

1. 等候約 15 分鐘，待執行前檢查作業完成。

成功完成後會自動開始執行。

2. 如果在儀器檢查期間發生錯誤，請選擇 [Retry]（重試）以重新進行檢查。

檢查期間，檢查週期會跳動。

3. 若要疑難排解重複發生的錯誤，請參閱「錯誤訊息解決方案」。
1. 執行進度和計量出現在 [Sequencing]（定序）畫面時進行監控。
• [Estimated run completion]（預測的執行完成時間） — 執行完成的約日期和時間。預估的執行完成計量需要 10 次先前的執行，才能計算精確的執行完成時間。
• [Average %Q30]（Q30 平均百分比） — Q 評分 ≥ 30 的鹼基判定平均百分比。
• [Projected Yield]（預計產量） — 執行的鹼基判定預期數量。
• [Total Reads PF]（總讀數 PF） — 通過濾網的雙端 (若適用) 叢集數量（以百萬為單位）。
• [Real Time Demux]（即時解編） — 完成讀數 1、索引 1 及索引 2 循環後，在讀數 2 開始時啟動後的解編狀態。即使未執行索引循環，狀態仍會顯示 [Complete]（完成）。不適用於 Cloud（雲端）模式執行。
• [Real Time Alignment]（即時校準） — 完成讀數 1、索引 1 及索引 2 循環後，在讀數 2 開始時初始化讀數 1 的校準狀態。不適用於 Cloud（雲端）模式執行。

循環 26 次後會出現 Q30 和產量計量。

2. 若要監控執行流程，請選擇控制軟體功能表，然後選擇 [Process Management]（流程管理）。
3. 若要取消執行，請選擇 [End Run]（結束執行）。如需有關取消執行的詳細資訊，請參閱「取消執行」。
4. 從儀器卸除耗材。在 3 天內將匣從儀器中取出。